阜新市档案馆内设机构：征集事务部、档案管理部、信息技术部、编研展览部。

征集事务部：负责编制档案征集工作总体规划，制定年度征集计划。负责征集具有重要保存价值的各类档案资料和文献。负责发布征集公告，调查征集档案的类型、数量、来源等。负责组织专家对征集档案进行鉴定。负责档案馆的日常运转。负责做好档案馆党建、群团和财务管理及机构编制、人事管理、文电、会务、档案、保密、安全、信息综合、资产管理、离退休干部管理等后勤保障工作。

档案管理部：负责接收市直机关事业单位、群团组织、撤并机构、转制企业及地方特色的档案、资料。负责对馆藏档案的整理、鉴定、统计、保管、利用。负责接收已公开的政务信息并进行整理、鉴定和保管，为社会提供查询服务。对外保留市人民政府信息查询中心牌子。

信息技术部：负责电子、音像档案信息采集、接收、整理、存储与备份等工作，承担电子档案信息的复制、恢复工作。负责馆藏档案数字化工作。负责对馆藏褪变和破损档案的抢救和修复工作。承担档案信息数据库建设、运行维护和信息安全工作。承担市档案馆网站的信息更新和维护工作。

编研展览部：负责馆藏档案资源的开发和编研工作。负责档案资料编纂成果的推广和利用工作。负责档案科研和对外宣传与学术交流工作。负责档案展览和爱国主义教育基地建设工作。